Untermieter in Häusern, Wäldern und Höhlen
Fledermäuse nutzen im Lauf eines Jahres verschiedene Lebensräume. Als Jagdreviere bevorzugen sie abwechslungsreiche, möglichst naturnahe Landschaften.
Waldfledermäuse, wie die noch relativ häufige Fransenfledermaus, bewohnen naturnahe Mischwälder, Lichtungen und Waldränder. Als Wochenstuben und Tagesquartiere nehmen sie natürliche Baumhöhlen, ersatzweise auch Nistkästen an.
Hausfledermäuse sind an den menschlichen Siedlungsraum und die offene Kulturlandschaft gebunden. Sie bevorzugen Unterschlupfmöglichkeiten in und an Gebäuden. Recht häufig sind im Bayerischen Wald und Donauraum Bartfledermäuse zu finden, die sich gerne hinter Holzverschalungen ansiedeln.
Sommerquartiere und Wochenstuben
In den Sommerquartieren verbringen Männchen und Weibchen getrennt voneinander die Frühjahrs- und Sommermonate. Die QUartiere sind warme und trockene Plätze in Dachstühlen, unter Holzverkleidungen, in Mauerspalten, Baumhöhlen und Kästen. Die Weibchen schließen sich zu sogenannten Wochenstuben zusammen und ziehen dort gemeinsam ihre Jungen auf.
Fledermausweibchen bekommen nur ein bis zwei Junge im Jahr - dafür werden sie aber sehr alt. Wenn die Umstände ungünstig sind, sterben über 80% der Jungtiere. Weil viele Weibchen sich aus einem riesigen Einzugsgebiet in den Wochenstubenquartieren treffen und die Fledermäuse bei der Jungenaufzucht besonders empfindlich sind, müssen sie besonders geschützt werden. Oft werden Wochenstubenquartiere über Jahrzehnte hinweg besiedelt.
Winterquartiere
Die Winterquartiere, in denen die Fledermäuse ihren Winterschlaf halten, müssen feucht und kühl, aber möglichst frostfrei sein. Hauptsächlich werden dazu Höhlen, Stollen, feuchte Keller und Baumhöhlen aufgesucht.
Da es im Bayerischen Wald kaum natürliche Höhlen gibt, werden hauptsächlich aufgelassene Bergwerkstollen als Winterquartiere genutzt. Der Bayerische Wald verfügt neben den vielen Sommerquartieren über eines der bedeutendsten Winterquartiere Deutschlands: Das Stollensystem des Silberbergs. Mit über 20 km Länge ist es das größte bekannte Fledermaus-Winterquartier Mitteleuropas. Besonders die stark gefährdeten Mopsfledermaus verbringt dort die Wintermonate.