Winterquartiere im Gebiet
Im kristallinen Gestein des Bayerischen Waldes gibt es kaum natürlichen Höhlen. Lediglich tiefergehende Gesteinsspalten sind vorhanden und können als frost-freie und geeignete Winterquartiere angesehen werden.
Den Gesamtfunden im Sommer stehen - wie auch in anderen gut untersuchten Gebieten - wenige Winterquartierfunde gegenüber. Die Beobachtung lässt sich durch zwei Möglichkeiten erklären: die Tiere wandern teilweise ab oder sie verschwinden in Quartieren, die von uns nicht aufgesucht werden können oder uns unbekannt sind. Die tiefen Gesteinsspalten im kristallinen Gestein erfüllen alle Anforderungen an ein Winterquartier: Frostfreiheit, Feuchtigkeit, Ungestörtheit. Einzelne Beobachtungen von den im Herbst ausfliegenden Nordfledermäusen, Wochenstuben, Sommer- und Herbstkolonien von Wasserfledermäusen und Mopsfledermäusen in Gesteinsspalten und Dehnungsfugen von Betonbrücken lassen die Annahme zu, dass diese auch im genutzt werden.
In Baumquartieren überwinternde Fledermäuse sind ebenfalls schwierig zu finden. Solche Bestände lassen sich nur durch Notfälle (Baumfällungen mit Fledermausvorkommen) oder über die in milden Wintertagen ausfliegenden Fledermäuse feststellen. Solche Funde konnten schwerpuktmäßig im Donauraum gemacht werden, seltener in den Mittellagen oder Hochlagen. Mit weiteren Baumüberwinterern ist maximal bis in die mittleren Lagen zu rechnen, die Hochlagen sind vermutlich aufgrund der kalten Temperaturen ungeeignet.
In den niederen Lagen entlang der Donau werden überwinternde Abendseglerkolonien auch in Hochhausverkleidungen beobachtet. Die Nutzung von Kirchen als Winterquartier ist bei Grauen Langohren in den niederen und wärmeren Lagen (Donauniederung) bekannt. Der Silberberg ist das bedeutenste Winterquartier im Bayerischen Wald.