Zwergfledermaus
Die Zwergfledermaus kommt regelmäßig bis häufig im Untersuchungsgebiet vor. Allerdings wurde die Zwergfledermaus nicht ganz so häufig gefunden wie die Bartfledermaus. Das Vorkommen der Zwergfledermauswochenstuben beschränkt sich auf niedere bis mittlere Lagen. Es sind oft Kolonien bis 200 Tiere beobachtet worden. Einzeltiere konnten im gesamten Untersuchungsgebiet bis in die Hochlagen beobachtet werden. Die Quartiere der Zwergfledermaus sind sehr unterschiedlich und deutlich variabler als die der Bartfledermaus. Kolonien wurden in Quartieren unter Blechflachdächern, unter Holzverschalungen an Haus und Stall, unter Dachbalken, nur in einem Fall unter Fensterläden beobachtet. Diese Art verursacht auch häufiger Probleme wegen der Verschmutzung durch Kot. Die Zwergfledermaus dürfte im Untersuchungsgebiet etwas stärker verbreitet sein als die Funde vermuten lassen, weil sie in vielen Fällen nur durch Zufall und durch Baumaßnahmen gefunden wurde. In Biotopen ist die Zwergfledermaus häufig im Isarmündungsbereich und entlang der Donau zu finden, dort sind einzelne Waldabschnitte intensiv genutzte Balzareale im Herbst. Invasionsverhalten wurde in einem Fall berichtet (ca. 200 - 300 kleine Fledermäuse hinter einem Ahnenbild). Im gesamten Untersuchungsgebiet, auch in den Großstädten konnte Invasionsverhalten noch nie von der Autorin selbst beobachtet werden. Vermutlich spielt sich das Invasionsgeschehen im Untersuchungsgebiet verstärkt in den wahrscheinlich ursprünglichen Invasionsquartieren, nämlich Felsenspalten ab. Zwergfledermäuse wurden im Untersuchungsgebiet nicht überwinternd angetroffen. Es ist jedoch aufgrund der tschechischen Beobachtungen zu vermuten, dass die Zwergfledermaus im Untersuchungsgebiet in großen Gruppen in tiefen Felsspalten Winterschlaf hält.
Vorkommen in Tschechien
In Tschechien wurde Mückenfledermaus und Bartfledermaus ebenfalls nicht unterschieden. Dort kommt die Zwergfledermaus auch regelmäßig im Gebiet vor, ebenfalls in sehr unterschiedlichen Quartieren. Massenvorkommen im Herbst (Invasion) und viele überwinternde Tiere im Winter wurden hier beobachtet. Die Überwinterer waren in Spalten von Wänden und Felsen, aber auch an Häusern beobachtet worden.